基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定

S917.4; 以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221 762条Unigene序列,N50为2 240 nt,GC含量为46.20％.利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106 221个符合条件的SSR位点,分布于62 451条Unigene中,发生频率为28.16％.优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99％、32.57％和14.72％,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21％,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90％和...

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Published in南方水产科学 Vol. 16; no. 1; pp. 127 - 136
Main Authors 马军, 刘嘉鑫, 江智景, 周永森, 于振豪, 王海山, 陈燕, 陈攀, 黄海
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 海南省热带海洋渔业资源保护与利用重点实验室/热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室,海南三亚572022%海南热带海洋学院,海南三亚,572022 01.02.2020
海南热带海洋学院,海南三亚572022
Subjects
简单重复序列
转录组
多态性位点
密斑刺鲀
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ISSN2095-0780
DOI10.12131/20190147

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Abstract S917.4; 以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221 762条Unigene序列,N50为2 240 nt,GC含量为46.20％.利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106 221个符合条件的SSR位点,分布于62 451条Unigene中,发生频率为28.16％.优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99％、32.57％和14.72％,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21％,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90％和2.70％.选取SSR长度大于等于20bp的位点设计了17 563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38％.通过多态性验证,最终获得30对稳定、可重复的多态性引物(占有效扩增引物的31.58％),其中15对引物表现出高多态性(PIC＞0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力.结果 表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础.
AbstractList S917.4; 以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221 762条Unigene序列,N50为2 240 nt,GC含量为46.20％.利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106 221个符合条件的SSR位点,分布于62 451条Unigene中,发生频率为28.16％.优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99％、32.57％和14.72％,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21％,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90％和2.70％.选取SSR长度大于等于20bp的位点设计了17 563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38％.通过多态性验证,最终获得30对稳定、可重复的多态性引物(占有效扩增引物的31.58％),其中15对引物表现出高多态性(PIC＞0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力.结果 表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础.
Author 黄海
周永森
刘嘉鑫
江智景
于振豪
王海山
陈攀
马军
陈燕
AuthorAffiliation 海南热带海洋学院,海南三亚572022;海南省热带海洋渔业资源保护与利用重点实验室/热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室,海南三亚572022%海南热带海洋学院,海南三亚,572022
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WANG Haishan
JIANG Zhijing
CHEN Pan
HUANG Hai
YU Zhenhao
LIU Jiaxin
CHEN Yan
MA Jun
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