枳PP2C基因家族的鉴定及表达分析

S666; [目的]鉴定枳(Poncirus trifoliata)PP2C基因家族,并分析其在不同组织的表达模式以及对低温、高温和干旱胁迫的响应.[方法]利用生物信息学方法在枳基因组中鉴定PP2C基因家族,分析其理化性质、染色体定位、系统进化、基因结构、保守基序、基因复制及启动子顺式作用元件等,并采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法检测PtrPP2C基因家族成员在不同非生物胁迫处理下的表达情况.[结果]枳中共鉴定出可聚类为10个亚族的53个PP2C基因,命名为PtrPP2C1～PtrPP2C53,其编码蛋白的氨基酸数介于235～1...

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Published in果树学报 Vol. 39; no. 4; pp. 532 - 547
Main Authors 杨杰, 陈蓉, 胡文娟, 吴巧玲, 佟晓楠, 李兴涛
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 赣南师范大学生命科学学院,江西赣州341000%赣南师范大学生命科学学院,江西赣州341000 10.04.2022
国家脐橙工程技术研究中心,江西赣州341000
Subjects
PP2C基因家族
生物信息学
枳
表达模式
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ISSN1009-9980
DOI10.13925/j.cnki.gsxb.20210486

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Abstract S666; [目的]鉴定枳(Poncirus trifoliata)PP2C基因家族,并分析其在不同组织的表达模式以及对低温、高温和干旱胁迫的响应.[方法]利用生物信息学方法在枳基因组中鉴定PP2C基因家族,分析其理化性质、染色体定位、系统进化、基因结构、保守基序、基因复制及启动子顺式作用元件等,并采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法检测PtrPP2C基因家族成员在不同非生物胁迫处理下的表达情况.[结果]枳中共鉴定出可聚类为10个亚族的53个PP2C基因,命名为PtrPP2C1～PtrPP2C53,其编码蛋白的氨基酸数介于235～1184aa之间,分子质量为25.90～127.95 ku;这些基因分布于枳的10条染色体上,均具有保守的PP2C蛋白结构域.PtrPP2Cs启动子上存在大量的植物激素、胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件.转录组数据分析结果显示,不同组织中PtrPP2Cs的相对表达量存在明显差异,总体上分为特异性表达和普遍性表达.qRT-PCR结果显示,在低温、高温和干旱胁迫处理条件下的12h内,与对照相比分别有10、8和9个基因均持续上调表达;其中,PtrPP2C29较明显,其在(4±1)℃低温处理下的相对表达量是对照的56.8倍,在(38.0±0.5)℃C高温处理下的相对表达量与对照相比显著上调,是对照的195.1倍,在干旱处理条件下的相对表达量是对照的5.1倍.[结论]从枳基因组中鉴定出53个PP2C基因家族成员,具有明显的组织表达特异性,并参与多种非生物胁迫应答.研究结果为进一步探究枳PP2C基因家族提供了参考.
AbstractList S666; [目的]鉴定枳(Poncirus trifoliata)PP2C基因家族,并分析其在不同组织的表达模式以及对低温、高温和干旱胁迫的响应.[方法]利用生物信息学方法在枳基因组中鉴定PP2C基因家族,分析其理化性质、染色体定位、系统进化、基因结构、保守基序、基因复制及启动子顺式作用元件等,并采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法检测PtrPP2C基因家族成员在不同非生物胁迫处理下的表达情况.[结果]枳中共鉴定出可聚类为10个亚族的53个PP2C基因,命名为PtrPP2C1～PtrPP2C53,其编码蛋白的氨基酸数介于235～1184aa之间,分子质量为25.90～127.95 ku;这些基因分布于枳的10条染色体上,均具有保守的PP2C蛋白结构域.PtrPP2Cs启动子上存在大量的植物激素、胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件.转录组数据分析结果显示,不同组织中PtrPP2Cs的相对表达量存在明显差异,总体上分为特异性表达和普遍性表达.qRT-PCR结果显示,在低温、高温和干旱胁迫处理条件下的12h内,与对照相比分别有10、8和9个基因均持续上调表达;其中,PtrPP2C29较明显,其在(4±1)℃低温处理下的相对表达量是对照的56.8倍,在(38.0±0.5)℃C高温处理下的相对表达量与对照相比显著上调,是对照的195.1倍,在干旱处理条件下的相对表达量是对照的5.1倍.[结论]从枳基因组中鉴定出53个PP2C基因家族成员,具有明显的组织表达特异性,并参与多种非生物胁迫应答.研究结果为进一步探究枳PP2C基因家族提供了参考.
Author 吴巧玲
胡文娟
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陈蓉
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杨杰
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