基于比较基因组学解析植物乳植杆菌ST的功能基因组
TS201.3; 解析植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)ST的功能基因组特征,为其开发利用奠定基础.对L.plantarum ST与1株模式菌株ATCC 14197T基因组序列及NCBI中已公开的152株L.plantarum全基因组序列进行比较基因组学分析.基于154株L.plantarum的1 262个核心基因构建了系统发育树,发现ST与肠道分离株BCC9546遗传距离最近.乳、肉制品分离株分别集中在第II分支的上半部分和下半部分,因来源不同而存在差异,且存在一定的聚集性.同时果蝇分离株具有明显聚集趋势.功能注释分析发现,ST基因组中包含磷酸转移酶系...
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| Published in | 食品科学 Vol. 44; no. 14; pp. 86 - 93 |
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| Main Authors | , , , , , |
| Format | Magazine Article |
| Language | Chinese |
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内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室,农业农村部奶制品加工重点实验室,内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室,乳酸菌与发酵乳制品省部共建协同创新中心,内蒙古呼和浩特 010018%云南农业大学食品科学技术学院,云南 昆明 650201%云南农业大学动物科学技术学院,云南昆明 650201
25.07.2023
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| Subjects | |
| Online Access | Get full text |
| ISSN | 1002-6630 |
| DOI | 10.7506/spkx1002-6630-20220807-086 |
Cover
| Abstract | TS201.3; 解析植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)ST的功能基因组特征,为其开发利用奠定基础.对L.plantarum ST与1株模式菌株ATCC 14197T基因组序列及NCBI中已公开的152株L.plantarum全基因组序列进行比较基因组学分析.基于154株L.plantarum的1 262个核心基因构建了系统发育树,发现ST与肠道分离株BCC9546遗传距离最近.乳、肉制品分离株分别集中在第II分支的上半部分和下半部分,因来源不同而存在差异,且存在一定的聚集性.同时果蝇分离株具有明显聚集趋势.功能注释分析发现,ST基因组中包含磷酸转移酶系统糖类转运系统相关基因,还注释到了免疫调控通路相关基因,同时有较多水解或重排糖苷键的基因.ST不存在毒力因子和耐药基因.与其他L.plantarum相比,ST携带特有的与能量转运功能有关的功能基因ecfT.此外,ST具有与群体感应信号分子AI-2、黏附分子和谷胱甘肽合成相关的功能基因.API 50 CHL碳水化合物代谢结果显示,L.plantarum ST能利用丰富的碳源,可代谢包括单糖类、糖苷和二糖类及多糖类等中29种碳源.本研究从基因组层面分析L.plantarum ST功能基因组特征,同时结合糖发酵表型实验结果,认为L.plantarum ST是1株安全且具有潜在益生特性的益生菌,为其开发利用提供遗传学基础. |
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| AbstractList | TS201.3; 解析植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)ST的功能基因组特征,为其开发利用奠定基础.对L.plantarum ST与1株模式菌株ATCC 14197T基因组序列及NCBI中已公开的152株L.plantarum全基因组序列进行比较基因组学分析.基于154株L.plantarum的1 262个核心基因构建了系统发育树,发现ST与肠道分离株BCC9546遗传距离最近.乳、肉制品分离株分别集中在第II分支的上半部分和下半部分,因来源不同而存在差异,且存在一定的聚集性.同时果蝇分离株具有明显聚集趋势.功能注释分析发现,ST基因组中包含磷酸转移酶系统糖类转运系统相关基因,还注释到了免疫调控通路相关基因,同时有较多水解或重排糖苷键的基因.ST不存在毒力因子和耐药基因.与其他L.plantarum相比,ST携带特有的与能量转运功能有关的功能基因ecfT.此外,ST具有与群体感应信号分子AI-2、黏附分子和谷胱甘肽合成相关的功能基因.API 50 CHL碳水化合物代谢结果显示,L.plantarum ST能利用丰富的碳源,可代谢包括单糖类、糖苷和二糖类及多糖类等中29种碳源.本研究从基因组层面分析L.plantarum ST功能基因组特征,同时结合糖发酵表型实验结果,认为L.plantarum ST是1株安全且具有潜在益生特性的益生菌,为其开发利用提供遗传学基础. |
| Author | 林秋叶 孙志宏 周金萍 曹振辉 李海燕 杨淑娟 |
| AuthorAffiliation | 内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室,农业农村部奶制品加工重点实验室,内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室,乳酸菌与发酵乳制品省部共建协同创新中心,内蒙古呼和浩特 010018%云南农业大学食品科学技术学院,云南 昆明 650201%云南农业大学动物科学技术学院,云南昆明 650201 |
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| Issue | 14 |
| Keywords | 功能基因 functional genes 植物乳植杆菌ST Lactiplantibacillus plantarum ST comparative genomics 比较基因组学 |
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