ARB: rRNAデータベースの処理とプローブのデザイン
「はじめに」細菌の16SrRNAなどのスモルサブユニットrRNAや23SrRNAなどの遺伝子シークエンスの比較による分析は, すでに微生物の分類と同定に最も一般的に応用されている(1). シークエンシング技術の発達によりこれらのデータ処理の改良と自動化によりGenBank(http://www. ncbi. nlm. nih. gov/GenBank/)などのデータベースから多くのrRNAのデータを利用できるようになってきている. しかし, これらのデータベースは生データで登録されているため, ユーザーによってデータをそのまま利用することができないインタラクティブなインフォメーションである....
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| Published in | Journal of Intestinal Microbiology Vol. 19; no. 1; pp. 53 - 60 |
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| Main Authors | , |
| Format | Journal Article |
| Language | Japanese |
| Published |
公益財団法人 腸内細菌学会
2005
日本ビフィズス菌センター The Intestinal Microbiology Society |
| Online Access | Get full text |
| ISSN | 1343-0882 1349-8363 |
| DOI | 10.11209/jim.19.53 |
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| Abstract | 「はじめに」細菌の16SrRNAなどのスモルサブユニットrRNAや23SrRNAなどの遺伝子シークエンスの比較による分析は, すでに微生物の分類と同定に最も一般的に応用されている(1). シークエンシング技術の発達によりこれらのデータ処理の改良と自動化によりGenBank(http://www. ncbi. nlm. nih. gov/GenBank/)などのデータベースから多くのrRNAのデータを利用できるようになってきている. しかし, これらのデータベースは生データで登録されているため, ユーザーによってデータをそのまま利用することができないインタラクティブなインフォメーションである. Ribosomalデータベースプロジェクト(http://rdp. cme. msu. edu/html/)がアライメントされたシークエンスデータを提供しているが, データの取り扱いと分析がrRNAベースの方法を応用している研究者にとって扱いにくい. シークエンスエディト, アライメントや系統解析のためのいろいろなソフトウェアが様々なソースから利用可能であるが, 包括的な1パッケージのソフトウェアが欠けている. ソフトウェアプログラムの多種多様さは個別のソフトウェアの異なったインプットとアウトプットフォーマットによりデータの包括的な分析と連続的な応用には不便である. ARB(from Latin Arbor tree)は使いやすいインタフェースであり, 59, 609スモールサブユニットシークエンスと698ラージサブユニットシークエンスがアライメントされ中央のデータベースと同様で, ソフトウェアとrRNAデータベースが相互に利用できる包括的ツールで ある(6). これはUNIXの環境で製作された大量のシークエンスデータベースを処理できるプログラムで, 特に系統解析, シークエンスデータ分析やプローブデザインなどが統合化された, 非営利のソフトウェア(http://www. arb-home. deから無料でダウンロードできる)である. 現在, LINUXとMac OSXの環境で動くようになっている. ARBのメインウィンドウはFig. 1に示す. |
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| AbstractList | 「はじめに」細菌の16SrRNAなどのスモルサブユニットrRNAや23SrRNAなどの遺伝子シークエンスの比較による分析は, すでに微生物の分類と同定に最も一般的に応用されている(1). シークエンシング技術の発達によりこれらのデータ処理の改良と自動化によりGenBank(http://www. ncbi. nlm. nih. gov/GenBank/)などのデータベースから多くのrRNAのデータを利用できるようになってきている. しかし, これらのデータベースは生データで登録されているため, ユーザーによってデータをそのまま利用することができないインタラクティブなインフォメーションである. Ribosomalデータベースプロジェクト(http://rdp. cme. msu. edu/html/)がアライメントされたシークエンスデータを提供しているが, データの取り扱いと分析がrRNAベースの方法を応用している研究者にとって扱いにくい. シークエンスエディト, アライメントや系統解析のためのいろいろなソフトウェアが様々なソースから利用可能であるが, 包括的な1パッケージのソフトウェアが欠けている. ソフトウェアプログラムの多種多様さは個別のソフトウェアの異なったインプットとアウトプットフォーマットによりデータの包括的な分析と連続的な応用には不便である. ARB(from Latin Arbor tree)は使いやすいインタフェースであり, 59, 609スモールサブユニットシークエンスと698ラージサブユニットシークエンスがアライメントされ中央のデータベースと同様で, ソフトウェアとrRNAデータベースが相互に利用できる包括的ツールで ある(6). これはUNIXの環境で製作された大量のシークエンスデータベースを処理できるプログラムで, 特に系統解析, シークエンスデータ分析やプローブデザインなどが統合化された, 非営利のソフトウェア(http://www. arb-home. deから無料でダウンロードできる)である. 現在, LINUXとMac OSXの環境で動くようになっている. ARBのメインウィンドウはFig. 1に示す. |
| Author | 伊藤, 喜久治 朴, 相熙 |
| Author_FL | Park Sang-Hee Itoh Kikuji |
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| CorporateAuthor | 東京大学大学院農学生命科学研究科 |
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| Discipline | Medicine |
| DocumentTitleAlternate | ARB: Handling Databases of rRNA Data and Probe Design |
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| PublicationTitle | Journal of Intestinal Microbiology |
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| PublicationYear | 2005 |
| Publisher | 公益財団法人 腸内細菌学会 日本ビフィズス菌センター The Intestinal Microbiology Society |
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