PartⅡ．がん病理診断の潮流〜形態診断からゲノム・エピゲノム統合診断へ
がん診療において，病理診断を担う病理医の責任は重い。現代では病理診断とは，種々の診断技法を駆使した総合的な判断と言え，近年，病理診断体系が大きく変化した脳腫瘍の病理診断について，当教室での取り組みとともに紹介する。 脳腫瘍分類は，形態学的特徴に基づいていたが，より厳格な分類の要求のため，遺伝子と形態の統合診断が取り入れられ，さらにDNAメチル化分類も採用された。脳腫瘍の腫瘍型は200を越え，その多くで分子遺伝学的検索が要求されるが，日常の病理診断のなかで全ての検索項目に逐一対応するのは現実的ではない。形態学的検索を優先し，真に必要とされる項目に絞って分子遺伝学的検索を行なっている。 DNAメチ...
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| Published in | JOURNAL OF THE KYORIN MEDICAL SOCIETY Vol. 54; no. 4; pp. 227 - 234 |
|---|---|
| Main Authors | , |
| Format | Journal Article |
| Language | Japanese |
| Published |
杏林医学会
28.12.2023
The Kyorin Medical Society |
| Online Access | Get full text |
| ISSN | 0368-5829 1349-886X |
| DOI | 10.11434/kyorinmed.54.227 |
Cover
| Abstract | がん診療において，病理診断を担う病理医の責任は重い。現代では病理診断とは，種々の診断技法を駆使した総合的な判断と言え，近年，病理診断体系が大きく変化した脳腫瘍の病理診断について，当教室での取り組みとともに紹介する。 脳腫瘍分類は，形態学的特徴に基づいていたが，より厳格な分類の要求のため，遺伝子と形態の統合診断が取り入れられ，さらにDNAメチル化分類も採用された。脳腫瘍の腫瘍型は200を越え，その多くで分子遺伝学的検索が要求されるが，日常の病理診断のなかで全ての検索項目に逐一対応するのは現実的ではない。形態学的検索を優先し，真に必要とされる項目に絞って分子遺伝学的検索を行なっている。 DNAメチル化分類は，統合診断精度の改善に寄与する。ドイツがんセンターはDNAメチル化分類推定のためのウェブツールを公開しているが，実臨床上の限界もあり，非線形次元削減法であるt-distributed stochastic neighbor embeddingによるDNAメチロームの可視化は統合診断に寄与する。 現状では分子遺伝学的解析の品質や解釈は，病理医が全責任を負っている。精細な脳腫瘍分類の追求は絶対的に必要不可欠な診療上の要請であり，最低限の分子遺伝学的解析は臨床検査として保険診療下に行われるべきで，臨床医が必要とするタイミングで必要な情報を提供し，遅滞なく治療が行われる体制の整備が求められている。 |
|---|---|
| AbstractList | がん診療において，病理診断を担う病理医の責任は重い。現代では病理診断とは，種々の診断技法を駆使した総合的な判断と言え，近年，病理診断体系が大きく変化した脳腫瘍の病理診断について，当教室での取り組みとともに紹介する。脳腫瘍分類は，形態学的特徴に基づいていたが，より厳格な分類の要求のため，遺伝子と形態の統合診断が取り入れられ，さらにDNAメチル化分類も採用された。脳腫瘍の腫瘍型は200を越え，その多くで分子遺伝学的検索が要求されるが，日常の病理診断のなかで全ての検索項目に逐一対応するのは現実的ではない。形態学的検索を優先し，真に必要とされる項目に絞って分子遺伝学的検索を行なっている。DNAメチル化分類は，統合診断精度の改善に寄与する。ドイツがんセンターはDNAメチル化分類推定のためのウェブツールを公開しているが，実臨床上の限界もあり，非線形次元削減法であるt-distributed stochastic neighbor embeddingによるDNAメチロームの可視化は統合診断に寄与する。現状では分子遺伝学的解析の品質や解釈は，病理医が全責任を負っている。精細な脳腫瘍分類の追求は絶対的に必要不可欠な診療上の要請であり，最低限の分子遺伝学的解析は臨床検査として保険診療下に行われるべきで，臨床医が必要とするタイミングで必要な情報を提供し，遅滞なく治療が行われる体制の整備が求められている。 |
| Author | 里見, 介史 柴原, 純二 |
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| ContentType | Journal Article |
| Copyright | 2023 杏林医学会 |
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| DOI | 10.11434/kyorinmed.54.227 |
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| Discipline | Medicine |
| EISSN | 1349-886X |
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| PublicationTitle | JOURNAL OF THE KYORIN MEDICAL SOCIETY |
| PublicationTitleAlternate | 杏林医会誌 |
| PublicationTitle_FL | J. Kyorin. Med. Soc 杏林医会誌 杏林医学会雑誌 |
| PublicationYear | 2023 |
| Publisher | 杏林医学会 The Kyorin Medical Society |
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| References | 21) LaurensvanderMaaten G. VisualizingDatausingt-SNE. Journal of Machine Learning Research. 2008; 9: 2579-605. 8) Louis DN, Perry A, Burger P, Ellison DW, Reifenberger G, von Deimling A, et al. International Society Of Neuropathology--Haarlem consensus guidelines for nervous system tumor classification and grading. Brain Pathol. 2014; 24(5): 429-35. 25) Yang Y, Sun H, Zhang Y, Zhang T, Gong J, Wei Y, et al. Dimensionality reduction by UMAP reinforces sample heterogeneity analysis in bulk transcriptomic data. Cell Rep. 2021 ; 36(4): 109442. 2) シッダールタ・ムカジー．がん─4000年の歴史─．訳 : 田中文，editor : 早川書房 ; 2016. 14) Das PM, Singal R. DNA methylation and cancer. J Clin Oncol. 2004; 22(22): 4632-42. 15) Hanahan D. Hallmarks of Cancer : New Dimensions. Cancer Discov. 2022; 12(1): 31-46. 20) Stewart S, Ivy MA, Anslyn EV. The use of principal component analysis and discriminant analysis in differential sensing routines. Chem Soc Rev. 2014; 43(1): 70-84. 26) 竹内賢吾．循環プロセスとしての病理学．病理と臨床．2017; 35(12): 1170-1. 9) WHO Classification of Tumours of the Central Nervous System. Louis DN OH, Wiestler OD, Cavenee WK, editor. Lyon : IARC ; 2016. 1) がん情報サービス．Available from : https://ganjoho.jp/public/knowledge/basic/index.html. 7) Gilles FH, Tavare CJ, Becker LE, Burger PC, Yates AJ, Pollack IF, Finlay JL. Pathologist interobserver variability of histologic features in childhood brain tumors : results from the CCG-945 study. Pediatr Dev Pathol. 2008 ; 11(2): 108-17. 16) Capper D, Jones DTW, Sill M, Hovestadt V, Schrimpf D, Sturm D, et al. DNA methylation-based classification of central nervous system tumours. Nature. 2018 ; 555(7697): 469-74. 5) WHO Classification of Tumours of the Central Nervous System. Louis DN OH, Wiestler OD, Cavenee WK, editor. Lyon : International Agency for Research on Cancer; 2007. 18) Bender K, Kahn J, Perez E, Ehret F, Roohani S, Capper D, et al. Diffuse paediatric-type high-grade glioma, H3-wildtype and IDH-wildtype : case series of a new entity. Brain Tumor Pathol. 2023; 40(4): 204-14. 28) Team RC. R : A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria. : R Foundation for Statistical Computing; 2023. 30) Nagane M, Ichimura K, Onuki R, Narushima D, Honda-Kitahara M, Satomi K, et al. Bevacizumab beyond Progression for Newly Diagnosed Glioblastoma (BIOMARK): Phase II Safety, Efficacy and Biomarker Study. Cancers (Basel). 2022; 14(22). 6) van den Bent MJ. Interobserver variation of the histopathological diagnosis in clinical trials on glioma : a clinician's perspective. Acta Neuropathol. 2010; 120(3): 297-304. 22) Leland McInnes JH, James Melville. UMAP : Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction. ArXiv e-prints. 2018; 1802.03426. 17) Capper D, Stichel D, Sahm F, Jones DTW, Schrimpf D, Sill M, et al. Practical implementation of DNA methylation and copy-number-based CNS tumor diagnostics : the Heidelberg experience. Acta Neuropathol. 2018; 136(2): 181-210. 3) Virchow. 細胞病理学．翻訳 : 梶田昭，editor : 朝日出版社 ; 1988. 19) 里見介史．脳腫瘍-WHO脳腫瘍分類2021改訂のポイント】総論 WHO2021におけるDNAメチローム解析．Clinical Neuroscience. 2023; 41(4): 463-7. 11) Louis DN, Perry A, Wesseling P, Brat DJ, Cree IA, Figarella-Branger D, et al. The 2021 WHO Classification of Tumors of the Central Nervous System : a summary. Neuro Oncol. 2021; 23(8): 1231-51. 29) Satomi K, Takami H, Fukushima S, Yamashita S, Matsushita Y, Nakazato Y, et al. 12p gain is predominantly observed in non-germinomatous germ cell tumors and identifies an unfavorable subgroup of central nervous system germ cell tumors. Neuro Oncol. 2022; 24(5): 834-46. 13) Paulus W. HEIRECA! The HEIdelberg REvolution of CAncer classification and what it means for neurooncology and neuropathology. Acta Neuropathol. 2018; 136(2): 177-9. 24) Shibayama T, Satomi K, Tanaka R, Yoshida A, Nagahama K, Hayashi A, et al. Pulmonary inflammatory leiomyosarcoma represents a potential diagnostic pitfall of DNA methylation-based classification of sarcomas : a case report. BMC Pulm Med. 2023; 23(1): 324. 23) Satomi K, Saito K, Shimoyamada H, Onizuka H, Shibayama T, Hibiya T, et al. The role of nonlinear dimension reduction of genome-wide DNA methylome in integrated diagnosis : A case study of glioblastoma, IDH-wildtype. Pathol Int. 2023; 73(10): 523-26. 4) Bailey P and Cushing H. A Classification of Tumors of the Glioma Group on a Histogenetic Basis with a Correlated Study of Prognosis. Philadelphia : JB Lippincott; 1926. 27) Samuel Eilenberg SM. General Theory of Natural Equivalences. Transactions of the American Mathematical Society. 1945; 58(2): 231-94. 10) Central nervous system tumours. Board. WCoTE, editor. Lyon : IARC; 2021. 12) 里見介史, 市村幸一. 脳腫瘍. 病理と臨床.【がんゲノム医療時代の分子腫瘍学】(第3部)がんの分子病理学(各論) 臓器がん 40. 東京 : 文光堂 ; 2022. p. 168-77. |
| References_xml | – reference: 11) Louis DN, Perry A, Wesseling P, Brat DJ, Cree IA, Figarella-Branger D, et al. The 2021 WHO Classification of Tumors of the Central Nervous System : a summary. Neuro Oncol. 2021; 23(8): 1231-51. – reference: 13) Paulus W. HEIRECA! The HEIdelberg REvolution of CAncer classification and what it means for neurooncology and neuropathology. Acta Neuropathol. 2018; 136(2): 177-9. – reference: 22) Leland McInnes JH, James Melville. UMAP : Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction. ArXiv e-prints. 2018; 1802.03426. – reference: 10) Central nervous system tumours. Board. WCoTE, editor. Lyon : IARC; 2021. – reference: 17) Capper D, Stichel D, Sahm F, Jones DTW, Schrimpf D, Sill M, et al. Practical implementation of DNA methylation and copy-number-based CNS tumor diagnostics : the Heidelberg experience. Acta Neuropathol. 2018; 136(2): 181-210. – reference: 20) Stewart S, Ivy MA, Anslyn EV. The use of principal component analysis and discriminant analysis in differential sensing routines. Chem Soc Rev. 2014; 43(1): 70-84. – reference: 7) Gilles FH, Tavare CJ, Becker LE, Burger PC, Yates AJ, Pollack IF, Finlay JL. Pathologist interobserver variability of histologic features in childhood brain tumors : results from the CCG-945 study. Pediatr Dev Pathol. 2008 ; 11(2): 108-17. – reference: 25) Yang Y, Sun H, Zhang Y, Zhang T, Gong J, Wei Y, et al. Dimensionality reduction by UMAP reinforces sample heterogeneity analysis in bulk transcriptomic data. Cell Rep. 2021 ; 36(4): 109442. – reference: 8) Louis DN, Perry A, Burger P, Ellison DW, Reifenberger G, von Deimling A, et al. International Society Of Neuropathology--Haarlem consensus guidelines for nervous system tumor classification and grading. Brain Pathol. 2014; 24(5): 429-35. – reference: 23) Satomi K, Saito K, Shimoyamada H, Onizuka H, Shibayama T, Hibiya T, et al. The role of nonlinear dimension reduction of genome-wide DNA methylome in integrated diagnosis : A case study of glioblastoma, IDH-wildtype. Pathol Int. 2023; 73(10): 523-26. – reference: 2) シッダールタ・ムカジー．がん─4000年の歴史─．訳 : 田中文，editor : 早川書房 ; 2016. – reference: 30) Nagane M, Ichimura K, Onuki R, Narushima D, Honda-Kitahara M, Satomi K, et al. Bevacizumab beyond Progression for Newly Diagnosed Glioblastoma (BIOMARK): Phase II Safety, Efficacy and Biomarker Study. Cancers (Basel). 2022; 14(22). – reference: 19) 里見介史．脳腫瘍-WHO脳腫瘍分類2021改訂のポイント】総論 WHO2021におけるDNAメチローム解析．Clinical Neuroscience. 2023; 41(4): 463-7. – reference: 24) Shibayama T, Satomi K, Tanaka R, Yoshida A, Nagahama K, Hayashi A, et al. Pulmonary inflammatory leiomyosarcoma represents a potential diagnostic pitfall of DNA methylation-based classification of sarcomas : a case report. BMC Pulm Med. 2023; 23(1): 324. – reference: 12) 里見介史, 市村幸一. 脳腫瘍. 病理と臨床.【がんゲノム医療時代の分子腫瘍学】(第3部)がんの分子病理学(各論) 臓器がん 40. 東京 : 文光堂 ; 2022. p. 168-77. – reference: 21) LaurensvanderMaaten G. VisualizingDatausingt-SNE. Journal of Machine Learning Research. 2008; 9: 2579-605. – reference: 27) Samuel Eilenberg SM. General Theory of Natural Equivalences. Transactions of the American Mathematical Society. 1945; 58(2): 231-94. – reference: 4) Bailey P and Cushing H. A Classification of Tumors of the Glioma Group on a Histogenetic Basis with a Correlated Study of Prognosis. Philadelphia : JB Lippincott; 1926. – reference: 1) がん情報サービス．Available from : https://ganjoho.jp/public/knowledge/basic/index.html. – reference: 14) Das PM, Singal R. DNA methylation and cancer. J Clin Oncol. 2004; 22(22): 4632-42. – reference: 5) WHO Classification of Tumours of the Central Nervous System. Louis DN OH, Wiestler OD, Cavenee WK, editor. Lyon : International Agency for Research on Cancer; 2007. – reference: 16) Capper D, Jones DTW, Sill M, Hovestadt V, Schrimpf D, Sturm D, et al. DNA methylation-based classification of central nervous system tumours. Nature. 2018 ; 555(7697): 469-74. – reference: 29) Satomi K, Takami H, Fukushima S, Yamashita S, Matsushita Y, Nakazato Y, et al. 12p gain is predominantly observed in non-germinomatous germ cell tumors and identifies an unfavorable subgroup of central nervous system germ cell tumors. Neuro Oncol. 2022; 24(5): 834-46. – reference: 6) van den Bent MJ. Interobserver variation of the histopathological diagnosis in clinical trials on glioma : a clinician's perspective. Acta Neuropathol. 2010; 120(3): 297-304. – reference: 26) 竹内賢吾．循環プロセスとしての病理学．病理と臨床．2017; 35(12): 1170-1. – reference: 28) Team RC. R : A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria. : R Foundation for Statistical Computing; 2023. – reference: 15) Hanahan D. Hallmarks of Cancer : New Dimensions. Cancer Discov. 2022; 12(1): 31-46. – reference: 3) Virchow. 細胞病理学．翻訳 : 梶田昭，editor : 朝日出版社 ; 1988. – reference: 18) Bender K, Kahn J, Perez E, Ehret F, Roohani S, Capper D, et al. Diffuse paediatric-type high-grade glioma, H3-wildtype and IDH-wildtype : case series of a new entity. Brain Tumor Pathol. 2023; 40(4): 204-14. – reference: 9) WHO Classification of Tumours of the Central Nervous System. Louis DN OH, Wiestler OD, Cavenee WK, editor. Lyon : IARC ; 2016. |
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| SourceID | nii jstage |
| SourceType | Publisher |
| StartPage | 227 |
| Title | PartⅡ．がん病理診断の潮流〜形態診断からゲノム・エピゲノム統合診断へ |
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