糖尿病肾病特异性肾小管间质纤维化相关基因生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析方法探讨糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)肾小管间质纤维化(renal tubuleinterstitial fibrosis,RTF)的关键基因及其临床相关性.方法 下载DN、非DN患者肾间质组织和RTF模型小鼠肾组织数据集,筛选差异表达基因,识别DN特异性RTF相关基因,并进行功能富集和蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析,筛选出关键基因后进行临床相关性分析.结果 共获得 125 个 DN 特异性 RTF 相关基因.生物学功能富集分析提示上述基因与免疫反应及代谢过程相关,并富集到了 Tol...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published inLinchuang Shenzangbing Zazhi Vol. 23; no. 3; pp. 234 - 241
Main Authors 白雨, 马莉莉, 王丽妍, 刁宗礼, 黄红东, 刘文虎
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 首都医科大学附属北京友谊医院肾内科,北京 100050 2023
Editorial Department of Journal of Clinical Nephrology
Subjects
糖尿病肾病
关键基因
肾小管间质纤维化
生物信息学分析
Online AccessGet full text
ISSN1671-2390
DOI10.3969/j.issn.1671-2390.2023.03.009

Cover

More Information
Summary:目的 通过生物信息学分析方法探讨糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)肾小管间质纤维化(renal tubuleinterstitial fibrosis,RTF)的关键基因及其临床相关性.方法 下载DN、非DN患者肾间质组织和RTF模型小鼠肾组织数据集,筛选差异表达基因,识别DN特异性RTF相关基因,并进行功能富集和蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析,筛选出关键基因后进行临床相关性分析.结果 共获得 125 个 DN 特异性 RTF 相关基因.生物学功能富集分析提示上述基因与免疫反应及代谢过程相关,并富集到了 Toll 样受体、核因子-κB、肿瘤坏死因子和趋化因子等信号通路.基于 PPI 网络分析筛选了 ITGAM、TLR2、LCP2、TLR7、IL10RA作为关键基因,在DN组表达差异倍数显著高于对照组,且受试者工作特曲线的曲线下面积分别为 1、0.925、0.9583、0.9583、0.8833(P<0.01).关键基因的表达水平与估算肾小球滤过率的Pearson相关系数(r值)分别为-0.7956、-0.6463、-0.752、-0.7136、-0.7721(P<0.05).结论 本研究筛选了DN特异性RTF关键基因,其与估算肾小球滤过率呈负相关,并可能通过免疫炎症反应途径参与DN-RTF过程.
ISSN:1671-2390
DOI:10.3969/j.issn.1671-2390.2023.03.009