葡萄EST-SNP位点的信息与特征 - 李猛 郭大龙 刘崇怀 张国海 侯小改 (浙江大学学报（农业与生命科学版）, 2012)
为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签（EST）中得到候选单核苷酸多态性（SNP）位点，从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42493条，利用CAP3软件拼接得到6126个重叠群（contig），将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选；同时，为提高候选SNP位点的可靠度，降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发sNP的假阴性率，设置候选sNP位点的次要等位基因频率至少为30％，sNP侧翼序列保守度至少为5bp．结果表明：仅在1195个contig中存在候选SNP位点，共5032个，其中包括1800个颠换类型，2896个转换类型，336个单碱基的插入与缺失（indel），SNP的平均出现频率为4．2SNP．contig-1．利用CAPS（酶切扩增多态序列）分子标记和重测序方法对其中几个候选sNP位点进行验证表明，符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP住点检测结果较好，可靠度最高．