基于神威太湖之光的NAMD软件的移植与优化 - 姚文军 陈俊仕 苏志超 余洋 廖陈志 安虹 (计算机工程与科学, 2017)
纳米级粒度分子动力学NAMD是基于Charm＋＋并行编程模型的开源免费分子动力学模拟软件，能够在大规模并行计算机上快速模拟百万原子级别的大分子体系。太湖之光是中国自主研发的超级计算机，峰值性能为125．4Pflop／s，共有1000多万个核心，整机Linpack效率不低于70％。NAMD在空间上对原子进行划分，在计算上对力进行划分，充分曝露出单步模拟的并行度，并通过CHARM＋＋对负载平衡进行调控。针对NAMD进行模拟计算时的特点，移植并优化了NAMD的核心计算代码，让其能够更好地运行在超级计算机神威太湖之光上，优化后性能提高了近20倍，单个核组的性能较IntelXeonE5—2650v2提高3倍。扩展性方面目前至多可达到325万核的并行度，突破百万核大关。