葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析 - 方辉;曲俊杰;孙嘉曼;尹玲;潘凤英 (南方农业学报, 2017)
【目的】明确葡萄miR169（vvi-miR169）基因家族在葡萄生长发育及逆境胁迫响应中的重要作用，为其在葡萄分子育种和抗逆新品种选育中的应用提供参考依据。【方法】利用miRNA、Phytozome、NCBI等数据库及ClustalX2.1、MEGA6.0、RNAfoldWebServer、psRNATarget等在线软件对vvi-miR169基因家族的序列分布、定位特征、二级结构、发育进化树和靶基因调控功能进行生物信息学分析。【结果】在miRBase中搜索到25条vvi-miR169基因同源序列，分别分布在6条染色体上，其中以位于Chr11上的序列最多，共有17条，位于Chr01、Chr04和Chr14上各有2条，而在Chr08和Chr17上各有1条。vvi-miR169基因家族成熟序列的碱基保守性很高，其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构，且位于同一条染色体上的miR169基因序列显示出相对更近的亲缘关系。vvi-miR169基因家族共预测到21个靶基因，绝大部分miRNA都有多个靶基因，且不同miRNA具有相同的靶基因，其中有22个miRNA靶基因均含有GSVIVT01015120001（NF-YA转录因子）。【结论】vvi-miR169基因家族序列保守性较高，家族特征明显，且具有相似的调控功能；NF-YA转录因子是vvi-miR169基因家族最主要的靶基因，也是葡萄生长发育过程中抗逆境胁迫的主要调控元件。