3MBA类FtsZ蛋白抑制剂的分子动力学模拟及抗菌作用机制 - 张贺 卢俊瑞 穆江蓓 刘金彪 杨旭云 王美君 张瑞波 (物理化学学报, 2015)
采用分子动力学模拟、蛋白质二级结构测定（DSSP）、口袋体积测量（POVME）以及MM-PBSA（molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area）方法,系统研究了金黄色葡萄球菌丝状温度敏感性蛋白Z（Sa Fts Z）-二磷酸鸟苷（GDP）二元复合物和Sa Fts Z-GDP-3MBA（3-甲氧基苯甲酰胺）类衍生物三元复合物体系的稳定性、蛋白质二级结构、蛋白质构象、关键残基质心距、活性口袋体积以及相对结合自由能的变化规律.研究表明：当不含抑制剂存在时Sa Fts Z-GDP二元复合物体系稳定性较差,其T7Loop区域残基（203-209）波动较大,且蛋白二级结构发生明显变化,活性口袋体积急剧减小,底物通道显著变窄且不稳定.而含有抑制剂PC190723、Compound1的类衍生物三元复合物体系的表现截然不同,这主要是由于它们均能和活性口袋T7Loop区周围残基形成关键性的氢键以及疏水作用,与Fts Z蛋白紧密结合.在Sa Fts Z-GDP-3MBA三元复合物体系中,3MBA仅能与活性口袋中部分残基形成疏水作用,与Fts Z蛋白亲和力较弱,使其不能稳定地存在于活性口袋中,进一步导致它的抗菌活性明显低于PC190723、Compound1.这些发现深入揭示了3MBA类衍生物对Fts Z蛋白的作用机制和影响规律,为该类Fts Z蛋白抑制剂的结构优化和产品开发应用提供了重要的理论依据.