白芨内生细菌组成及多样性分析

【目的】调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据。【方法】应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTUs）数量,分析物种丰度及分布的差异。【结果】获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属（Sphingomonas,32.26%）、地杆菌属（Pedobacter,16.13%）、盐单胞菌属（Halomonas,16.13%）、土壤杆菌属...

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Published in南方农业学报 Vol. 47; no. 2; pp. 227 - 233
Main Author 陈泽斌 李冰 王定康 徐胜光 刘佳妮 余磊 张永福 任禛 靳松
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 云南省都市特色农业工程技术研究中心,昆明650214%中国科学院昆明动物研究所,昆明,650223%昆明学院生命科学与技术系,昆明,650214%昆明学院农学院,昆明,650214 2016
昆明学院农学院,昆明650214
Subjects
内生细菌
多样性
白芨
高通量测序
多样性
diversity
白芨
内生细菌
高通量测序
B.striata
high-throughput sequencing
endophytic bacteria
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ISSN2095-1191
DOI10.3969/j:issn.2095-1191.2016.02.227

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Summary:【目的】调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据。【方法】应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTUs）数量,分析物种丰度及分布的差异。【结果】获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属（Sphingomonas,32.26%）、地杆菌属（Pedobacter,16.13%）、盐单胞菌属（Halomonas,16.13%）、土壤杆菌属（Agrobacterium,12.90%）、Kaistobacter属（6.45%）、希瓦氏菌属（Shewanella,6.45%）、假单胞菌属（Pseudomonas,6.45%）和短波单胞菌属（Brevundimonas,3.23%）8个属。【结论】鞘脂单胞菌属、地杆菌属、盐单胞菌属和土壤杆菌属是白芨内生细菌的优势种群。Illumina Mi Seq高通量测序技术能准确反映植物内生微生物的种类组成和真实比例,在植物内生微生物研究中具有明显的优势和可行性。
Bibliography:45-1381/S
Objective】The species and diversity of endophytic bacteria of Bletilla striata were studied, in order to provide references for better protection and management of B. striata. 【Method】The 16 S r DNA-V4 variable region of B.striata was sequenced by Illumina Mi Seq high-throughput sequencing technology. And using Qiime and Mothur softwares,the number of sequences and operational taxonomic units（OTUs） for each sample was sorted and calculated, so as to analyze abundance and distribution of species. 【Result】The results showed that, the numbers of effective sequences and OTUs for each sample were 49550 and 48, respectively. And the rarefaction curves showed that sequencing depth was adequate,and The number of OTUs was close to saturation. The endophytic bacteria of B. striata belonged to 8 genera viz., Sphingomonas（32.26%）, Pedobacter（16.13%）, Halomonas（16.13%）, Agrobacterium（12.90%）, Kaistobacter（6.45%）, Shewanella（6.45%）, Pseudomonas（6.45%）, Brevundimonas（3.23%）. 【Conclusion】The dominant endophytic bact
ISSN:2095-1191
DOI:10.3969/j:issn.2095-1191.2016.02.227