白芨内生细菌组成及多样性分析 - 陈泽斌 李冰 王定康 徐胜光 刘佳妮 余磊 张永福 任禛 靳松 (南方农业学报, 2016)
【目的】调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据。【方法】应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTUs）数量,分析物种丰度及分布的差异。【结果】获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属（Sphingomonas,32.26%）、地杆菌属（Pedobacter,16.13%）、盐单胞菌属（Halomonas,16.13%）、土壤杆菌属（Agrobacterium,12.90%）、Kaistobacter属（6.45%）、希瓦氏菌属（Shewanella,6.45%）、假单胞菌属（Pseudomonas,6.45%）和短波单胞菌属（Brevundimonas,3.23%）8个属。【结论】鞘脂单胞菌属、地杆菌属、盐单胞菌属和土壤杆菌属是白芨内生细菌的优势种群。Illumina Mi Seq高通量测序技术能准确反映植物内生微生物的种类组成和真实比例,在植物内生微生物研究中具有明显的优势和可行性。