基因芯片筛选小鼠肝癌淋巴道转移相关基因 - 宋波; 唐建武; 王波; 崔晓楠; 周春辉; 侯力 (癌症, 2005)
R735.7; 背景与目的:肿瘤转移是一个多基因参与的复杂过程.由肿瘤转移所导致的恶性肿瘤患者死亡率高、预后差和其发生机制不清,长期以来一直是肿瘤学领域的突出问题.本研究利用基因芯片技术比较高低淋巴道转移能力小鼠肝癌细胞系Hca-F(高转移)和Hca-P(低转移)的基因表达谱,并筛选出与肿瘤淋巴道转移相关的基因.方法:分别提取Hca-F和Hca-P细胞的总RNA,反转录合成双链cDNA,通过体外反转录合成生物素标记的cRNA探针,cRNA探针经片段化处理后分别与Affymetrix GeneChip MOE430A(包括22690个转录本对应于约14500个小鼠已知基因和4371个EST)杂交,杂交信号经扫描等处理并用生物信息学对检测结果进行分析.结果:与Hca-P细胞相比较,Hca-F细胞中有901个(6.2%)基因表达上调幅度≥2倍,有129个(3%)EST上调幅度≥2倍.在公布的差异最显著的33个包括endoglin(EDG;CD105)、Mcam(Muc18;Mel-CAM;CD146)、Cdc42ep5(CEP5;Borg3)、Ptprr(protein tyrosine phosphatase,receptor type,R)、F2r[coagulation factorⅡ(thrombin)receptor;Par1;ThrR]、D7Ertd458e(necl-5)、NR1D1、Serpin h1(HSP47)、AXL、Mak和Areg(AR)等基因表达中,上调幅度在29.86～13.93倍之间.根据GO(Gene Ontology)分类和Treeview分析,这33个基因的功能主要为促血管生成、细胞粘附、信号转导、细胞运动、转录、分子伴侣活性、蛋白激酶活性和受体结合等.结论:高通量的基因芯片技术筛选出大量淋巴道转移相关基因,对这些转移相关基因功能的验证有助于找到淋巴道转移的关键(代表)基因/通路,它们可作为肿瘤淋巴道转移诊断的指标和治疗的靶点.