申克孢子丝菌ＳＰＤＳ基因的生物信息学分析及分子克隆

【目的】 分析预测申克孢子丝菌ｃＤＮＡ中编号为Ｌｏｃｕｓ＿１６８＿Ｃｏｎｔｉｇ＿１序列编码的基因及蛋白质结构、功能特征，并进行分子克隆。 【方法】 利用ＮＣＢＩ及Ｅｘｐａｓｙ网站提供的ＢＬＡＳＴｘ、ＳｉｇｎａｌＩＰ、ＩｎｔｅｒＰｒｏ Ｓｃａｎ等生物信息学软件分析其序列，判断其是否为全长编码序列、同源序列名称，并分析其结构、定位及功能等；将其中的全长编码区利用ＰＣＲ方法进行扩增后克隆到ｐＥＴ－３０ａ（＋）载体，测序验证。 【结果】 该序列是亚精胺合成酶（ＳＰＤＳ）的同源基因，全长序列为１０６２ ｂｐ，包含完整的编码区１９０ ～ １ ０６２ ｂｐ，编码２９１个氨基酸，在ＧｅｎＢａｎｋ中，其与粗糙脉...

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Published inZhongshan da xue xue bao. Zhongshan daxue xuebao yixue kexue ban = Journal of Sun Yat-sen University. Yi xue ke xue ban Vol. 34
Format Journal Article
LanguageChinese
Published Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University 01.01.2013
Subjects
亚精胺合成酶
分子克隆
生物信息学
申克孢子丝菌
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ISSN1672-3554

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Abstract 【目的】 分析预测申克孢子丝菌ｃＤＮＡ中编号为Ｌｏｃｕｓ＿１６８＿Ｃｏｎｔｉｇ＿１序列编码的基因及蛋白质结构、功能特征，并进行分子克隆。 【方法】 利用ＮＣＢＩ及Ｅｘｐａｓｙ网站提供的ＢＬＡＳＴｘ、ＳｉｇｎａｌＩＰ、ＩｎｔｅｒＰｒｏ Ｓｃａｎ等生物信息学软件分析其序列，判断其是否为全长编码序列、同源序列名称，并分析其结构、定位及功能等；将其中的全长编码区利用ＰＣＲ方法进行扩增后克隆到ｐＥＴ－３０ａ（＋）载体，测序验证。 【结果】 该序列是亚精胺合成酶（ＳＰＤＳ）的同源基因，全长序列为１０６２ ｂｐ，包含完整的编码区１９０ ～ １ ０６２ ｂｐ，编码２９１个氨基酸，在ＧｅｎＢａｎｋ中，其与粗糙脉孢菌的ＳＰＤＳ基因同源性最高，达８８％。理化性质预测其编码蛋白疏水性高；无质体、线粒体等定位序列，不存在跨膜螺旋结构，为非分泌型蛋白。进化树分析结果显示与粗糙脉孢菌同源性最高；ＰＣＲ扩增及测序结果证实目的基因成功克隆进入ｐＥＴ－３０ａ（＋）质粒。【结论】 获得申克孢子丝菌ＳＰＤＳ的基因及蛋白结构、功能特点，构建了其重组表达质粒，将为进一步明确其在孢子丝菌病中的致病作用奠定理论基础。
AbstractList 【目的】 分析预测申克孢子丝菌ｃＤＮＡ中编号为Ｌｏｃｕｓ＿１６８＿Ｃｏｎｔｉｇ＿１序列编码的基因及蛋白质结构、功能特征，并进行分子克隆。 【方法】 利用ＮＣＢＩ及Ｅｘｐａｓｙ网站提供的ＢＬＡＳＴｘ、ＳｉｇｎａｌＩＰ、ＩｎｔｅｒＰｒｏ Ｓｃａｎ等生物信息学软件分析其序列，判断其是否为全长编码序列、同源序列名称，并分析其结构、定位及功能等；将其中的全长编码区利用ＰＣＲ方法进行扩增后克隆到ｐＥＴ－３０ａ（＋）载体，测序验证。 【结果】 该序列是亚精胺合成酶（ＳＰＤＳ）的同源基因，全长序列为１０６２ ｂｐ，包含完整的编码区１９０ ～ １ ０６２ ｂｐ，编码２９１个氨基酸，在ＧｅｎＢａｎｋ中，其与粗糙脉孢菌的ＳＰＤＳ基因同源性最高，达８８％。理化性质预测其编码蛋白疏水性高；无质体、线粒体等定位序列，不存在跨膜螺旋结构，为非分泌型蛋白。进化树分析结果显示与粗糙脉孢菌同源性最高；ＰＣＲ扩增及测序结果证实目的基因成功克隆进入ｐＥＴ－３０ａ（＋）质粒。【结论】 获得申克孢子丝菌ＳＰＤＳ的基因及蛋白结构、功能特点，构建了其重组表达质粒，将为进一步明确其在孢子丝菌病中的致病作用奠定理论基础。
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